La Fiscalía General de la República (FGR) informa haber logrado que los juzgados de San Francisco Gotera, en Morazán acumulen «nuevos delitos» a los 17 militares ligados a la Masacre de «El Mozote», considerada la peor en la historia del Hemisferio Occidental. A los acusados se les suman los delitos de tortura, desaparición y desplazamiento forzados contra población civil.
Luego que en 2016, tras la derogación de la Ley de Amnistía por parte de la Corte Suprema de Justicia (CSJ), el Juzgado de San Francisco Gotera ordenó reabrir el caso histórico de la masacre de El Mozote; un proceso que hasta esta fecha aún continúa en la etapa de instrucción para recabar las pruebas necesarias hasta llegar a Juicio.
Conocidos son los relatos de las víctimas que no dudan en afirmar que fue entre el 10 y el 13 de diciembre de 1981, donde más de un millar de personas fueron privados de libertad, torturados y más de 900 fueron asesinados sólo por la «sospecha» de que eran colaboradores con la entonces guerrilla del FMLN; las mujeres fueron víctimas de violaciones sexuales y los niños – 477 menores de 12 años y 248 menores de seis fueron ajusticiados junto a sus padres, sin embargo, ni la Procuraduria para la Defensa de los Derechos Humanos (PDDH), ni la Fiscalía General de la República (FGR) y mucho menos la Corte Suprema de Justicia (CSJ) han sido capaces de hacer justicia por la Masacre de la que se responsabiliza a efectivos de la Fuerza Armada, en particular al ya desaparecido Batallón de Infantería de Reacción Inmediata Atlacatl, liderado en ese entonces por el Coronel Domingo Monterrosa.
La Comisión de la Verdad de Naciones Unidas señaló en un informe de 1993 a los coroneles Domingo Monterrosa y Armando Azmitia como los responsables directos de la masacre, pero ambos murieron el 23 de octubre de 1984 en un atentado de las fuerzas guerrilleras.
Varias investigaciones señalan que la guerra civil en El Salvador dejó unos 75.000 muertos y desaparecidos.
Actualmente los militares con vida, que están siendo procesados tras 38 años del hecho pero sin que aún exista una sola condena por parte de la justicia salvadoreña son:
General de División José Guillermo García. Exministro de Defensa. Es el militar con mayor rango y responsabilidad, dentro de las juntas revolucionarias de Gobierno, que están acusados en la masacre de El Mozote. Fue ministro de Defensa entre 1979 y 1983. Fue deportado desde los Estados Unidos, el 8 de enero de 2016, después de que una corte de inmigración rechazara su apelación al considerar que García supo de ejecuciones y abusos cometidos por las Fuerzas Armadas durante la guerra civil salvadoreña.
General Rafael Flores Lima. Exjefe del Estado Mayor Conjunto de la Fuerza Armada entre 1981 y 1983.
General Juan Rafael Bustillo Toledo. Fue Comandante de la Fuerza Aérea.
Natividad de Jesús Cáceres. Durante la operación en Morazán era mayor del BIRI Atlacatl; hoy es coronel.
Juan Ernesto Méndez Rodríguez. El ahora coronel era un capitán del batallón Atlacatl.
José Antonio Rodríguez Molina. Capitán (hoy coronel), exoficial del BIRI Atlacatl.
Luis Adalberto Landaverde Barrera. Ahora es coronel y durante 1981 era Teniente coronel de brigada de artillería.
José Mario Godínez Castillo. Mayor (hoy coronel).
Mauricio Isaac Duke Lozano. Capitán (hoy general).
Walter Oswaldo Salazar Martínez. Capitán (hoy general).
Óscar Córdova Hernández. Teniente (hoy capitán).
Roberto Antonio Garay Saravia. Subteniente (hoy coronel).
César Augusto Milla Flor. Subteniente (hoy general).
Carlos Eduardo Cáceres Flores. Subteniente (hoy general).
Jorge Armando Alfaro Bautista. Subteniente (hoy coronel).
Rafael Santiago del Cid Aguirre. Subteniente (hoy coronel).
Salvador Augusto Guzmán Parada. Subteniente (hoy capitán).
No obstante la asociación civil Tutela Legal María Julia Hernández, que impulsa el juicio por delitos de lesa humanidad, confirmó que el coronel Jesús Gabriel Contreras, jefe de operaciones del Estado Mayor de la Fuerza Armada en 1981, fue sumado a la lista de imputados.
El abogado Ovidio Mauricio, de Tutela Legal, adelantó que el juzgado recibió los dictámenes de peritos en materia militar, histórico-documental y antropología social que avalan la evidencia sobre la participación de la cadena de mando militar en la consumación de la masacre.
