El General Juan Rafael Bustillo Toledo, procesado por la Masacre de El Mozote, en Morazán y requerido por la Justicia española por la Masacre de los padres Jesuitas de la UCA en 1989 aseguró en una audiencia que sus sentimientos están «heridos» por los cargos que enfrenta.
El día de ayer se confirmó que la Fiscalía General de la República (FGR) logró que los juzgados de San Francisco Gotera, en Morazán acumulen «nuevos delitos» a los 17 militares ligados a la Masacre de «El Mozote», considerada la peor en la historia del Hemisferio Occidental. El General Busitillo y los demás acusados se les suman los delitos de tortura, desaparición y desplazamiento forzados contra población civil.
Luego que en 2016, tras la derogación de la Ley de Amnistía por parte de la Corte Suprema de Justicia (CSJ), el Juzgado de San Francisco Gotera ordenó reabrir el caso histórico de la masacre de El Mozote; el proceso de audiencia continúa sin que esta fecha aún no se halla abierto juicio.
Actualmente los militares con vida, que están siendo procesados tras 38 años del hecho pero sin que aún exista una sola condena por parte de la justicia salvadoreña son:
General de División José Guillermo García. Exministro de Defensa. Es el militar con mayor rango y responsabilidad, dentro de las juntas revolucionarias de Gobierno, que están acusados en la masacre de El Mozote. Fue ministro de Defensa entre 1979 y 1983. Fue deportado desde los Estados Unidos, el 8 de enero de 2016, después de que una corte de inmigración rechazara su apelación al considerar que García supo de ejecuciones y abusos cometidos por las Fuerzas Armadas durante la guerra civil salvadoreña.
General Rafael Flores Lima. Exjefe del Estado Mayor Conjunto de la Fuerza Armada entre 1981 y 1983.
General Juan Rafael Bustillo Toledo. Fue Comandante de la Fuerza Aérea.
Natividad de Jesús Cáceres. Durante la operación en Morazán era mayor del BIRI Atlacatl; hoy es coronel.
Juan Ernesto Méndez Rodríguez. El ahora coronel era un capitán del batallón Atlacatl.
José Antonio Rodríguez Molina. Capitán (hoy coronel), exoficial del BIRI Atlacatl.
Luis Adalberto Landaverde Barrera. Ahora es coronel y durante 1981 era Teniente coronel de brigada de artillería.
José Mario Godínez Castillo. Mayor (hoy coronel).
Mauricio Isaac Duke Lozano. Capitán (hoy general).
Walter Oswaldo Salazar Martínez. Capitán (hoy general).
Óscar Córdova Hernández. Teniente (hoy capitán).
Roberto Antonio Garay Saravia. Subteniente (hoy coronel).
César Augusto Milla Flor. Subteniente (hoy general).
Carlos Eduardo Cáceres Flores. Subteniente (hoy general).
Jorge Armando Alfaro Bautista. Subteniente (hoy coronel).
Rafael Santiago del Cid Aguirre. Subteniente (hoy coronel).
Salvador Augusto Guzmán Parada. Subteniente (hoy capitán).
No obstante la asociación civil Tutela Legal María Julia Hernández, que impulsa el juicio por delitos de lesa humanidad, confirmó que el coronel Jesús Gabriel Contreras, jefe de operaciones del Estado Mayor de la Fuerza Armada en 1981, fue sumado a la lista de imputados.