Tras haber realizado una investigación patrimonial en la sección de Probidad la Corte Suprema de Justicia (CSJ) libro al expresidente Sánchez Cerén de abrir un procesos judicial en su contra por presunto delitos de Enriquecimiento Ilícito durante su periodo como vicepresidente de la República y ministro de Educación «Ad Honorem» del 1 de junio de 2009 al 31 de mayo de 2014.
No obstante, la Fiscalía General de la República (FGR) sostiene que el expresidente Salvador Sánchez Cerén, está vinculado al desvío de $14 millones, de los $325 millones que habría malversado Mauricio Funes el rastreo de la Fiscalía detectó una cuenta del Banco Hipotecario a nombre de Salvador Sánchez Cerén/Vicepresidencia de la República. De esta cuenta, nutrida con recursos públicos, salieron por lo menos 93 mil 115.24 dólares hacia una de las dos cuentas de Gastos Operativos de la Presidencia.
La auditoría a los bienes del exmandatario Salvador Sánchez Cerén inició el 9 de enero de 2017 y su caso fue puesto en agenda de Corte Plena el 30 de julio del presente año.
Existen reporte de patrimonio que reportó Sánchez Cerén al iniciar su periodo presidencial con un monto de $161,318, sin embargo, el periodo presidencial que ocupó entre 2014 y 2019 no se ha analizado y aún está pendiente.
