En la última Sesión Plenaria, del actual período legislativo, los diputados acordaron superar el Veto Presidencial a la polémica Ley de Reconciliación Nacional, la cual reduce penas a responsables de crímenes de guerra y otorga amnistía a funcionarios salientes que se vieron involucrados en dichos actos.
Para ello la Comisión Política emitió de manera apresurada un dictamen para ratificar la denominada Ley de Justicia Transicional, Reparación y Reconciliación Nacional. Los parlamentarios buscan logran en el Pleno Legislativo superar el Veto a la cuestionada Ley.
En 2020, el presidente de la República, Nayib Bukele vetó la ley afirmando que no cuenta con tres elementos fundamentales, los cuales son: verdad, reparación y justicia.
Además existe inconformidad de parte de organizaciones defensoras de los Derechos Humanos, pues asegurna que dicha ley beneficia a diputados salientes como Antonio Almendáriz, Nidia Díaz, Mauricio «Chato» Vargas y el diputado Rodolfo Parker.
En el caso de Almendáriz la razón es por que se le responsabiliza de la ejecución de la médico española Begoña García Arandigoyen, crimen ocurrió el 10 de septiembre de 1990 en Santa Ana. Y en el caso del diputado Rodolfo Parker porque según el Informe de la Verdad alteró declaraciones para ocultar las responsabilidades de «altos oficiales» de las Fuerzas Armadas en el asesinato de los sacerdotes jesuitas.
En el caso de la diputada Nidia Díaz, tiene una denuncia ante Fiscalía General de la República por la supuesta participación en la masacre de la Zona Rosa a donde murieron trece personas, entre ellas cuatro marinos estadounidenses la noche del 19 de junio de 1985; Nidia Díaz era miembro del Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC) supuesto grupo autor de la masacre.
Otro diputado que no es bien visto por las organizaciones es el diputado del partido ARENA, Mauricio Vargas, por haber sido testigo a favor del coronel Inocente Montano, en Estados Unidos, quien es acusado de orquestar el asesinato de seis curas jesuitas en 1989, en la UCA y por la vinculación que Vargas tiene con el denominado grupo de oficiales conocido como «La Tandona» a quien se les atribuye diversos delitos contra los derechos humanos.
