La Fiscalía General de la República (FGR) comenzó sus indagaciones el 5 de febrero, justo después de las elecciones, para determinar las causas detrás de las fallas en el sistema de transmisión de las actas electorales. El Fiscal General, Rodolfo Delgado, confirmó que están recopilando pruebas relevantes para esclarecer lo sucedido y prometió dar continuidad a la investigación.
El 4 de febrero, durante las elecciones presidenciales y legislativas, el sistema de transmisión de actas elaboradas por las Juntas Receptoras de Votos (JRV) se paralizó, impidiendo el envío de la mayoría de las actas electorales. Esta interrupción llevó al Tribunal Supremo Electoral (TSE) a anunciar la apertura de los paquetes electorales para realizar un conteo voto por voto, lo que prolongó el proceso de escrutinio final por dos semanas.
Según Guillermo Wellman, magistrado electoral, las fallas no estuvieron relacionadas con la logística electoral, sino que surgieron en la Unidad de Sistemas Informáticos del TSE, donde intentos por mejorar el sistema de transmisión dejaron espacios para las fallas ocurridas.
Las investigaciones de la Fiscalía y las declaraciones de los funcionarios electorales apuntan a esclarecer las circunstancias que rodearon estas fallas técnicas, con el objetivo de evitar que vuelvan a ocurrir en futuros procesos electorales y garantizar la transparencia y fiabilidad del sistema electoral salvadoreño.